Yaiba Kurogane qui a est parvenu à saisir le sabre de Raijin a découvert par hasard une nouvelle technique, le « senpûken » et, sûr de lui, il fait route vers le repère de son ennemi. Les uns après les autres, il vient à bout des étranges démons tueurs à la solde de son grand rival, Takeshi Onimaru. Alors qu'ils sont en route pour Tokyo, Yaiba et Sayaka, victimes d'un caprice de Musashi Miyamoto, s'éloignent de leur route. Ils se retrouvent dans les dunes de Tottori, avant d'arriver à Ganryûjima, lieu chargé de souvenirs pour le vieux samouraï. Parallèlement, Onimaru qui s'est emparé du Parlement pour en faire son château, après avoir été déçu par tous ses envoyés, décide de faire appel au défunt Kojirô Sasaki, très puissant guerrier. L'île de Ganryûjima va-t-elle être le théâtre d'un duel entre Yaiba et le zombie Kojirô ?!