Jacob Portman est de retour chez lui, en Floride, là où tout a commencé. Et cette fois, son rêve est devenu réalité : Miss Peregrine et les enfants particuliers sont à ses côtés. Ces derniers découvrent, fascinés, le monde moderne. Afin de faciliter leur intégration, Jacob est chargé de leur donner des cours de normalité. Au programme : plage, baignade, et leçons particulières...
Mais la découverte d'un mystérieux bunker dans la maison de son grand-père va tout changer.
Persuadé qu'Abe lui a laissé des indices pour sauver des enfants particuliers isolés, Jacob entraîne ses amis sur les routes. C'est le début d'un jeu de piste dangereux, à travers un long périple dans l'Amérique d'aujourd'hui, territoire étrange, aux espaces parallèles peuplés de créatures d'un autre temps.