Qu'est-ce que Thomas d'Aquin a voulu faire en métaphysique ? S'il est désormais établi que sa doctrine refuse la primauté des concepts sur les choses (laquelle caractérise l'ontothéologie), la question reste posée d'une autonomie chez lui de la métaphysique par rapport à la théologie, donc de sa constitution et de sa fonction. Sa métaphysique est-elle intégrée ou bien séparée ? Dans les deux cas et pour des motifs inverses, Dieu a du mal y trouver sa juste place. Thomas, après Albert, se fraie un chemin entre une métaphysique intégrée, à la façon du courant augustinien auquel il continue d'appartenir, et une métaphysique séparée, celle de la Faculté des Arts, attirée dans l'orbite d'une réception d'Aristote conférant à la philosophie une indépendance à la fois rationnelle et institutionnelle, contre l'empire de la Faculté de théologie. Or c'est cette métaphysique séparée, qui malgré ses mésaventures (la condamnation de 1277), va vivre plusieurs renaissances. Elle donne lieu à trop d'incarnations et de commentaires, lesquelles donnent à croire que Thomas a écrit une métaphysique sans influence du christianisme, ni interactions elles-mêmes rationnelles, avec lui. Ce modèle, en fait moderne d'inspiration (et qui au XVIIe siècle calviniste va s'appeler ontologie, pour contrer la métaphysique), va refluer sur Thomas.Il fallait tout reprendre, oeuvres, concepts, thèses célèbres, et les évaluer, du double point de vue médiéviste et contemporain. Jusqu'à découvrir chez Thomas d'Aquin trois modalités de la métaphysique, qui sont autant d'articulations entre raison et foi. Ces trois modalités font miroiter toutes ses interventions et en dénouent les apparentes apories.