Après sa rencontre avec la mystérieuse Eureka, Renton se retrouve à bord du Gekko, le vaisseau de Holland. C'est à l'occasion de leur passage dans une ville, théâtre d'un terrible massacre, que Renton apprend le douloureux passé de la jeune femme. Quelques années plus tôt, afin de combattre d'étranges entités appelées "les Coralliens", les militaires s'étaient servis d'une femme du nom d'Anémone qui ressemblait trait pour trait à Eureka. Il découvre aussi que c'est à la même époque que le Gekko fut pris en chasse par l'armée...